Сокращение числа свободных налогообязанных крестьян, расширение податных привилегий для крупных вотчинников-иммунистов, активная внешняя политика Второго Болгарского царства, необходимость укреплять воинские силы и оборону страны от сильных врагов — все это вело к непрерывному увеличению расходов казны. Налоговый гнет быстро возрастал. Государство переложило тяжесть содержания налогового (и вообще государственного) аппарата на самих налогоплательщиков — крестьяне уплачивали множество пошлин и выполняли множество повинностей для мелкого и крупного, провинциального и столичного чиновничества.
Принципы организации православной христианской церкви Второго Болгарского царства остались в основном теми же, на которых она строилась в Первом царстве, но вслед за судьбами государства менялись ее статус и территориальное устройство. Охридская (именуемая также официально «Болгарской») архиепископия, сохранявшая свою автокефальность, лишь временно (при Калояне и Иване Асене II) возвратилась под власть государей Болгарии, В 1246 г. Охрид и прилежащие западные и юго-западные болгарские земли были навсегда отторгнуты от Второго Болгарского царства. Центр государства, а вместе с тем и его церкви остался вплоть до 1393 г. в Северо-Восточной Болгарии, в Тырнове. В 1204 г, в результате унии Калояна с папством архиепископ Тырнова получил сан примаса, а в 1235 г, в связи с разрывом давно ставшей чистой формальностью унии с папством и по союзному договору с Никейской империей глава болгарской церкви, как некогда в X в. при Петре, обрел высший сан партиарха. Патриарх, впрочем, как и ранее, находился в подчинении у светского главы государства. Патриарший синод имел право лишь рекомендации кандидатов на трон владыки; окончательный выбор, как и в Византии, зависел от царя. Патриарх, однако, принадлежал к высшей правящей элите болгарского общества, и его позиция имела большое значение в кипевшей в Болгарии во второй половине XIII — первой трети XIV в. междоусобной борьбе. Так, в 1300 г. произошел беспрецедентный в истории Болгарии случай казни патриарха Иоакима III с приходом к власти Федора Святослава, так как по проискам той болярской группировки, в которой играл большую роль Иоаким, Федору пришлось провести несколько лет в качестве заложника в ставке татарского хана Ногая. Крупной и влиятельной фигурой был последний тырновский патриарх, писатель, богослов и ученый Евфимий (Тырновский), организатор героической обороны столицы, умерший в османском плену.
На церковных соборах епископов и митрополитов всего царства, созываемых патриархом, присутствовали царь и высшие сановники. Соборы рассматривали важнейшие дела церкви, в особенности вопросы борьбы с еретиками. После осуждения собором (анафемствования) уличенных в ереси подвергали преследованию не только церковные, но и светские власти.
Яркие вспышки классовой борьбы в болгарских землях характерны также и для эпохи Второго Болгарского царства. Богомилы, не проявлявшие активности в годы тяжелой борьбы за освобождение и упрочение восстановленного государства, вновь вышли на арену в конце первого десятилетия XIII в. в обстановке династических смут и резкого усиления эксплуатации крестьянства. Характерной особенностью богомильства XIII—XIV вв. было сравнительно большее распространение ереси среди городского населения. В 1211 г. церковный собор, проходивший под председательством царя, подверг богомилов официальному осуждению, положив начало новым гонениям против них. Сведения об их деятельности эпизодически встречаются в источниках и после этого. Однако с упрочением власти крупных феодалов в провинциях и в городах страны богомильство постепенно утратило классовую антифеодальную направленность и превратилось в учение узких тайных сект мистического, эсхатологического толка.
Наиболее острым проявлением классовой борьбы в Болгарии в тот период было восстание крестьян в 1277—1280 гг. во главе со свинопасом Ивайлом по прозвищу «Лахана» (греч. — «Капуста»), Угнетаемые феодалами и государством, страдавшие от междоусобий, подвергавшиеся беспощадному грабежу полчищ монголо-татар, которым Болгария с 1242 г. выплачивала дань, крестьяне поднялись на восстание. Возглавив их отряды, Ивайло, оказавшийся талантливым организатором и полководцем, сначала очистил земли Болгарии от грабивших население монголов, затем разгромил в 1278 г. царское войско. Царь погиб в битве. Крестьяне стремились посадить своего («доброго») царя на трон страны.
В обстановке не прекращавшихся попыток византийского императора утвердить с помощью своих войск на престоле Тырнова своего ставленника и возобновившихся татарских набегов Ивайло принял предложение вдовствующей царицы и ее болярского окружения заключить с нею брак и занять трон. Однако сближение с правящей верхушкой, отсутствие ясной программы социальных преобразований, объективная невозможность изменить существующий строй, крайне неблагоприятная внутренняя и внешняя обстановка, противодействие и интриги болярства обрекли Ивайла на поражение. В 1279 г., воспользовавшись отсутствием царя в столице (Ивайло вел борьбу с татарами на Дунае), боляре открыли ворота города зятю византийского императора Ивану Мице. Разбив его войска, Ивайло осадил Тырнов. Но возобладавшая в столице другая группировка, враждебная и Ивайле и Мице, возвела в 1280 г. на трон болярина Георгия Тертера, который сплотил вокруг себя феодалов и развернул борьбу против Ивайла, вынужденного бежать из страны. В поисках поддержки Ивайло отправился в ставку Ногая, но был там коварно убит. Имя «крестьянского царя» долго хранилось в памяти не только болгар, но и греков: имя «Ивайло» принимали даже в Малой Азии руководители отрядов, пытавшиеся организовать сопротивление османскому наступлению на империю.