Уже в X в. в богатых и сильных монастырях Бургундии поднялся голос протеста против церковной «порчи», против разгульной жизни церковных сановников, против продажи церковных должностей (так называемой «симонии»), против браков клириков (требование «целибата»), ибо женатые священники расхищали церковное имущество в пользу своих родственников. Центром этого движения за очищение церкви был монастырь Клюни, откуда и пошло название «клюнийское движение». Из числа монахов-клюнийцев вышли выдающиеся церковные деятели и несколько пап, в том числе Гильдебранд, ставший затем папой Григорием VII. Стремление папства освободиться от власти и влияния германских императоров стало особенно заметным к середине XI в. После смерти Генриха III (1056 г.), при котором вмешательство императора в дела церкви достигло апогея, императоры уже не могли больше назначать пап. При папе Николае II в 1059 г. под воздействием клюнийского движения был установлен новый избирательный закон, не позволявший императору и светским феодалам вмешиваться в выборы пап. Папу отныне избирала коллегия кардиналов.
Папы стремились усилить свое влияние на многочисленное и богатое германское духовенство. Императорам же было необходимо сохранить в своих руках назначение высших церковных сановников, ибо они составляли существенную часть их материальной, военной и политической опоры. Борьба за назначение и утверждение в сане епископов и других высших прелатов — борьба за инвеституру открыто вспыхнула при сильном и энергичном папе Григории VII (1073—1085). Став папой, он стремился всемерно укрепить папскую власть, поставить папу выше всех светских государей, не исключая императора. Создав сильные рыцарские отряды, Григорий VII активно вмешивался в сложные распри многочисленных итальянских властителей, всячески пытаясь использовать их в своих интересах. В своем знаменитом трактате «Диктат папы» он провозгласил примат папской власти над светской, неподсудность папы светским государям, резко выступил против установившегося обычая светских владык замещать церковные должности и распоряжаться церковными бенефициями. Лишь папа может жаловать знаки императорского достоинства, короновать и низлагать императоров, отлучать их от церкви, освобождать от присяги его подданных.
Запретив светскую инвеституру, Григорий VII не признавал и смещал епископов, поставленных молодым германским королем Генрихом IV (1056—1106). В германских епископствах и монастырях сплошь и рядом вели вооруженную борьбу два претендента — ставленник короля и прелат, посвященный в сан папой. Светские феодалы, связанные с духовенством и ленными и родственными узами, принимали активное участие в этой борьбе. Папа и император взаимно низлагали и отлучали друг друга. Первый этап этой борьбы закончился поражением Генриха IV: крупные феодалы воспользовались ею для выступлений против короля, часть духовных магнатов поддержала папу. Теряя социальную опору, Генрих IV вынужден был пройти через унизительное покаяние перед папой: в одежде кающегося грешника он в холодные январские дни трое суток выстоял босиком под стенами замка Каносса в Северной Италии, где находился папа (1076 г.), этой ценой Генрих удержал королевскую корону. С тех пор распространилось образное выражение «пойти в Каноссу», означающее величайшее унижение.
Однако вскоре борьба разгорелась вновь. Она не кончилась и со смертью Григория VII. Генрих IV еще около 20 лет продолжал эту борьбу. Завершилась она при сыне и преемнике Генриха IV Генрихе V заключением в 1122 г. Вормсского конкордата. В силу принятого соглашения папы и императоры разделили свое влияние на епископат: в Германии император, хотя и в ограниченной степени (в его руках осталась светская инвеститура), сохранил влияние на выборы и утверждение епископов, в Италии же и Бургундии его лишался. После Вормсского конкордата германские императоры уже не могли опираться на духовенство. «Епископальная политика», начатая Оттоном I, потерпела крах.
Вормсский конкордат не завершил борьбу с папами. Итальянская политика германских королей — цена, которую они платили за императорскую корону, — неминуемо вела к ослаблению их власти.
С конца XI в. центральная власть в Германии слабеет. При Генрихе IV Германия с запозданием переживала эпоху феодального дробления. Впереди еще был внешне блестящий период правления Штауфенов. Но в XI — начале XII в. уже явственно обозначились те силы и процессы, которые привели к междуцарствию и упадку императорской власти в середине XIII в.
Общество в германской части империи вплоть до XI в., когда стали подниматься города как существенная социально-экономическая и политическая сила, жило исключительно за счет труда крестьянства. Становление и развитие крестьянства как класса феодального общества отличались в Германии большой сложностью и длительностью. Сложен был и состав самого крестьянства.
Самые ранние стадии развития крестьянства на территории германских герцогств до эпохи франкского завоевания исследованы все еще недостаточно. Ясно, во всяком случае, — и это доказывают материалы археологических раскопок, — что уже в ранний период существовали богатые дворы местной знати (хотя слой ее был довольно узок), жившей за счет эксплуатации в основном несвободных и отчасти свободных сельских жителей. Круг знати значительно расширился в ходе франкских завоеваний, когда в зарейнскую Германию стали переселяться в большом числе франкские феодалы; быстро росло в процессе христианизации зарейнских племен церковное землевладение.