Средневековые университеты, особенно Парижский, стали центрами схоластики. Уже вторая половина XII в. показала, что творческие потенции августино-платонического подхода в схоластике стали исчерпываться. Отсюда проистекал столь жадный интерес к философии Аристотеля, которая проникала в Западную Европу различными путями из Испании, через Толедо, где сочинения греческого философа и его арабских комментаторов начали переводить на латинский язык еще в XI в., через Византию, Италию и Сицилийское королевство, где трудились целые школы переводчиков и где особое внимание уделялось естественнонаучным сочинениям Аристотеля. Наконец, в Западной Европе делались самостоятельные переводы с греческих и даже арабских рукописей. В середине XIII в. Вильем из Мербеке заново перевел основные произведения Аристотеля, ряд важнейших комментариев к ним и отредактировал лучшие из существовавших переводов.
Для судьбы аристотелевской философии в средневековой Западной Европе существенное значение имело то, что она была заново усвоена не в своем первоначальном виде, но под огромным влиянием ее арабских комментаторов, в особенности Аверроэса (Ибн Рушда), давшего ей своеобразную «материалистическую» интерпретацию. Конечно, говорить о подлинном материализме в средние века нельзя. Все попытки «материалистической» интерпретации, даже самые радикальные, отрицавшие бессмертие человеческой души или утверждавшие вечность мира, все же осуществлялись в рамках теизма, исходившего из признания абсолютного бытия. От этого они, однако, не утрачивали своего «революционизирующего» значения.
Учение Аристотеля быстро завоевывало огромный авторитет в научных центрах Италии, Испании, Англии и Франции. Однако в начале XIII в. оно встретило резкое сопротивление в Париже со стороны августиновски настроенных французских теологов, испугавшихся интеллектуального радикализма, заложенного в нем. Последовал ряд официальных запретов, были осуждены близкие к пантеизму взгляды магистров Парижского университета Амори Венского и Давида Динанского, однако аристотелизм в Европе настолько стремительно набирал силу, что к середине XIII в. церковь оказывалась бессильной перед этим натиском и встала перед необходимостью ассимилировать аристотелевскую доктрину. К выполнению задачи по христианизации Аристотеля были привлечены доминиканцы. Начал эту работу Альберт Великий, который все еще следовал традициям старой схоластики, приспосабливал к ней положения аристотелевского учения.
Синтез аристотелизма и католической теологии осуществил Фома Аквинский (1125/26—1274), чья деятельность была вершиной и итогом теолого-рационалистических поисков, зрелой схоластики. Фома происходил из рода итальянских графов Аквино. В Парижском университете он учился у Альберта Великого, затем он последовал за учителем в Кёльн. Его основные сочинения — «Сумма теологии» и «Сумма против язычников». В них он пытался примирить догму и науку, веру и знание, метафизическое и реальное. Фома исходил при этом не из абстрактно-платонического умозрения ранней схоластики. Он признавал ценность познания, движущегося от чувственного опыта к абстракции человеческого разума. Однако в случае конфликта разума с истинами откровения предпочтение все же отдавалось последним, человеческое знание оказалось бесполезным и даже вредным. Таким образом, конечным критерием науки оказывалась трансцендентная, а не материальная действительность, что в конечном итоге сводило на нет все усилия познавательного разума. Синтез Фомы оказался иллюзорным и не разрешил проблему взвешенного соотношения веры и разума, что с очевидностью показала вся дальнейшая история томизма (религиозной философии Фомы).
Против теологического рационализма Фомы выступили францисканцы во главе с Бонавентурой, которые следовали августиновско-платоновской традиции, направляя ее в сторону мистической интерпретации. Однако это еще была борьба в одном лагере ортодоксального католицизма. Интереснейшей фигурой этого направления за пределами Франции был Раймунд Луллий Каталанский (1235—1315), поэт и философ, отказавшийся от блестящей придворной жизни и отправившийся миссионером в Северную Африку, где мученически погиб. Он глубоко изучал арабскую и еврейскую философию. Впечатляющими были его достижения в области логики, где Луллий стал одним из предшественников комбинаторных методов.
Бескомпромиссными противниками томизма были аверроисты, развивавшие наиболее радикальные стороны учения Аверроэса. Силы их во главе с Сигером Брабантским были сосредоточены на наиболее демократическом факультете Парижского университета — факультете свободных искусств, с самого возникновения университета славившегося свободомыслием и жизнелюбием его студентов. Центральным в доктрине аверроистов было учение о едином, универсальном разуме, общем всему человеческому роду. Как таковой он вечен и неразрушим, распадаются лишь его индивидуализированные проявления, связанные с человеческой телесной субстанцией. Единый интеллект выступает гарантом истинности познания, которое доступно каждому человеку и приводит его к истине без помощи откровения. Знания, обретенные с помощью человеческого разума, ценны сами по себе, а не в их соответствии с верой, которая является совершенно особой иррациональной сферой. Поэтому речь может идти не о примирении веры и разума, а об их разграничении, т.е. о существовании «двойственной истины». Таким образом, человеческий разум выводился из-под опеки религии, философия и наука приобрели право на обособленность, что открывало новые возможности для их дальнейшего развития. Аверроисты Сигер Брабантский и Боэций Дакийский также пришли к выводам о вечности и несотворенности мира, полагая, что бог есть лишь перводвигатель, а не создатель сущего. Они отрицали бессмертие индивидуальной человеческой души.