В свою очередь, дуалистические идеи богомильского учения были занесены на социально родственную почву Запада.
В XI в. под влиянием ереси павликиан и богомилов, распространенной в Византии и на Балканском полуострове, во Франции и Италии зародилось движение патаров (патаренов) (свое название они получили от наименования рынка в Милане). Они осуждали богатство церкви, пороки ее служителей, практику продажи индульгенций, выступали против городской верхушки. Когда в Северной Италии появился Арнольд Брешианский, ученик Абеляра, выступавший против духовенства и папы, призывавший к уничтожению социальной несправедливости и защите бедняков от притеснений феодалов и богатых горожан, многие патары примкнули к его сторонникам, образовались секты арнольдистов. Церковь жестоко расправилась с народным трибуном, Арнольд был сожжен на костре, но его идеи еще несколько веков продолжали жить в народе, его последователи рассеялись по многим странам Центральной и Южной Европы. В начале XII в. богомильское влияние сказалось отчасти и на катарах (см. выше).
Русская церковь, хотя и представляла епархию византийской церкви (Константинопольского патриархата), очень рано обрела черты, делавшие ее в значительной степени национальной. Такой ее характер находил выражение и в том, что эта епархия совпадала с государственными границами Руси XI—XIV вв. и киевский митрополит осуществлял свою власть по всей стране, и в том, что богослужение велось на славянском языке, и в том, что уже в XI в. на Руси было кодифицировано собственное церковное право, основанное в значительной степени на местных нормах княжеского и общинного права, и в том, наконец, что тогда же она приобрела первых местных святых, принадлежавших к правящей киевской династии.
Территориальная структура древнерусской церкви, состоявшая к XIII в. из 16 епархий с епископами в центрах княжеств, соответствовала территориально-политической структуре Руси того времени. Первоначально церковная организация обеспечивалась централизованной десятиной, выделяемой князем из собранных им даней, судебных штрафов и торговых пошлин. Переход к обеспечению церкви земельными владениями, населенными крестьянами, относится к рубежу XI—XII вв., когда сначала монастыри, а затем и епископские кафедры становились земельными собственниками.
Постепенное превращение русской церкви в феодального собственника вело к важным явлениям в жизни русского общества. Оно значительно расширяло и укрепляло определяющий частнофеодальный уклад, что вело к вытеснению и сужению ранних форм эксплуатации лично-свободного населения путем княжеских даней. Практика передачи феодалами земель по завещанию с целью обеспечить поминание после смерти и моления о прощении грехов вкладчика вела к нараставшему и неограниченному тогда еще увеличению церковной земельной собственности. Это приводило к конфликтам епископов с князьями и городами: в 1159 г. жители Суздаля выгнали поставленного за год до этого епископа Леона, обвинив его в обогащении за счет рядовых священников. После неудачной попытки князя Андрея Боголюбского учредить во Владимире Суздальском митрополию кандидат в митрополиты наложил на город интердикт, заперев церкви и забрав ключи от них, отбирал у бояр села, оружие и коней, а некоторых рядовых горожан превратил в холопов.
Система церковно-монастырской феодальной собственности строилась на организационных основах, отличных от светской. Древнерусская церковная организация в лице митрополита и административно подчиненных ему епископов не являлась верховным собственником всех принадлежавших кафедрам, монастырям и храмам земель, как и соответствующая епископия не была собственником земель входивших в ее епархию церквей. Церковные земли были раздроблены между отдельными церквями.
Связь церковной организации Руси с восточнохристианским центром проявлялась в поставлении в Константинополе на Русь митрополитов-греков, в сохранении за патриархом (и императором, как номинальным главой христианского мира) права суда высшей инстанции по делам веры и церкви, в тесных культурных и церковно-политических связях Византии с Русью. Заинтересованность в этих связях со стороны княжеской власти и городов не позволяла порывать их. Вместе с тем, русские деятели, которые в редких случаях в результате политической борьбы все же оказывались на киевской кафедре (Илларион, Кирилл, Алексий), оставляли заметный след в истории страны.
В политической борьбе на Руси высшие деятели церкви, как правило, не отстаивали или защищали какую-либо свою, особую линию, но лишь разделяли позицию одной из борющихся сторон, выступая как важный идеологический и политический фактор, влиявший на успех той или иной стороны в борьбе княжеских и боярских группировок.
Большую роль в жизни древнерусского города играли монастыри, основывавшиеся главным образом князьями и боярами. Являясь с самого начала земельными собственниками, они не брезговали и торговыми операциями и были также идеологическими центрами. Здесь составлялись летописи, писались жития местных святых, существовали скриптории, готовились кадры для занятия епископских кафедр. В крупных городах, где было несколько монастырей, с помощью княжеской власти возникали архимандритии (центрами их становились наиболее сильные монастыри города), осуществлявшие руководство деятельностью других монашеских организаций.
Во второй половине XIV в. на севере Руси монастыри получили необычайное распространение, когда в сельской местности и в лесах на огромной территории от Москвы до Белого моря было основано выходцами из крестьян и горожан около 40 новых монастырей. Они внедряли интенсивное сельское хозяйство на основе использования дешевой рабочей силы и наряду с хозяйственной деятельностью выполняли идеологические функции.