Из среды «братьев-апостолов» вышел народный проповедник Сегарелли, сожженный на костре в 1300 г. Его учеником был вождь крестьянского восстания в Северной Италии Дольчино. В движении Дольчино и «братьев-апостолов», в их идеях и деятельности с наибольшей полнотой отразилась та форма крестьянской, плебейской «святости», в которой реальная бедность крестьянских и плебейских масс превратилась в средство революционной дисциплины, необходимой для борьбы с существующим социальным строем.
С крупнейшим народным восстанием Уота Тайлера были связаны учения Джона Болла и «бедных священников» — лоллардов, в устах которых высказывания бюргерского ересиарха Уиклифа приобрели острую антифеодальную направленность.
Почвой для возникновения ересей средневековья был город, его непрерывно увеличивавшийся плебс. Отсюда они распространялись в крестьянские массы, выливаясь в открытые формы борьбы, которые, достигнув своего апогея, отпугивали горожан. Крестьянские восстания наиболее ярко раскрывали социальный характер еретических движений, под покровом которых постоянно тлела оппозиция феодальному строю.
Своеобразным водоразделом в истории католической церкви и папства стал понтификат Бонифация VIII (1294—1303). Бонифаций VIII снова подверг пересмотру каноническое право, которое еще больше должно было служить повышению престижа и влияния папской власти в Европе. В международных делах Бонифаций стремился выступать как верховный арбитр и вселенский государь. Универсальность и абсолютное главенство папской монархии над церковью и миром было подтверждено буллой 1302 г. «Unam sanctam», но в ней желаемое выдавалось за действительное. Отпразднованный при нем с невиданной пышностью «юбилей церкви» стал высшей точкой и в то же время началом заката папского могущества. Новая сила поднималась навстречу притязаниям папства объединить Европу под своим началом. Этой силой стали складывающиеся в Западной Европе централизованные государства, за которыми было будущее.
В конце XIII в. вспыхнул конфликт между французским королем Филиппом IV Красивым и папой Бонифацием VIII, закончившийся поражением папства. Папский престол занял один из французских епископов, а в 1309 г. резиденция папы была перенесена из Рима в Авиньон (на юге Франции). «Авиньонское пленение» пап продолжалось около 70 лет и завершилось в 1377 г. Французский король одержал победу в борьбе с папством, отныне ставшим орудием в его руках. Новый папа Климент V поддержал выдвинутые королем обвинения против духовно-рыцарского ордена тамплиеров (храмовников), отличившегося и накопившего огромные богатства в крестовых походах, и санкционировал расправу над ним, которая была вызвана политическими, а не религиозными причинами.
Антипапистские выступления, сливавшиеся с прежними имперскими притязаниями, продолжались в Германии и вылились в борьбу императора Людвига Баварского с папством.
Широкое движение за реформу католической церкви во второй половине XIV в. развернулось в Англии. Оно нашло выражение в принятии королем и парламентом в 1343, 1351 и 1353 гг. постановлений, близких к соответствующим указам Филиппа Красивого и предусматривавших ограничение церковных поборов и запрещение обращаться в папский суд. Идеологом антицерковной оппозиции выступил оксфордский профессор, богослов Джон Уиклиф.
Идеи самостоятельности национальной церкви, независимости от папской власти вдохновляли Яна Гуса в Чехии, где в XV в. вспыхнула настоящая народная война.
Папство перестало быть вершиной «христианского мира» на Западе, который раскалывался на стремившиеся к независимости регионы. Более того, сам папский престол перестал быть единым. В папском государстве шла война, порой в конце XIV — начале XV в. одновременно существовали два, а то и три папы, боровшиеся за власть («великий раскол» или «великая схизма»).
Попыткой преодолеть эту кризисную ситуацию было развитие «соборного движения», сторонники которого считали порочным единовластие папы, призывали в церковных делах подчиняться решениям соборов, а в светских — государственной власти. Результатом «соборного движения» стало усиление автономии церквей западноевропейских стран от Рима. «Буржская прагматическая санкция» (1438 г.) даровала французской церкви «галликанские вольности», решения соборов признавались выше папских, а духовенство изымалось из-под юрисдикции Рима и подчинялось светскому суду. Подобные же изменения во взаимоотношениях местных церквей и папства произошли в Англии и других странах.
Созыв Констанцского собора (1414—1418 гг.) должен был положить конец «великой схизме». Однако его итоги оказались минимальными. Был низложен наиболее одиозный из трех сосуществовавших в то время пап — Иоанн XXIII. Григорий XII сам отказался от сана, но третий папа Бенедикт XIII воспротивился решению собора, избравшего нового папу Мартина V. «Двоепапство» сохранилось. Обсуждение реформы церкви оказалось бесплодным, но тем решительнее собор осудил еретиков Уиклифа и Гуса. Последний был приговорен к сожжению на костре. «Великая схизма» продолжалась до 1449 г., несмотря на то что пресечь ее пытались три собора. Хотя папство в конце концов кое-как справилось с «соборным движением», оно потерпело поражение в восстановлении своего духовного, а тем более политического авторитета в Европе.
В Византии церковь не имела той экономической и административной автаркии, какая сложилась в Западной Европе. В империи церкви и монастыри, хотя и были крупными феодальными землевладельцами, но так и не превратились в независимые от государства замкнутые феодальные княжества, подобно церковным вотчинам и аббатствам Запада. Православная церковь и экономически и политически в большей степени, чем католическая, зависела от государства, от имперских пожалований, теснее была связана с централизованной государственной системой.