Проводником папской политики, ее опорой, помимо духовенства, пребывавшего в миру, было монашество. На территории Западной Европы первые монастыри появились в IV в. в Италии, Галлии, Испании. Они были организованы по восточному образцу. Монашество собственно римской церкви со своим уставом зарождается в VI в. Его основателем был Бенедикт Нурсийский (480—547 гг.). Самая крупная бенедиктинская обитель раннего средневековья основана им в 529 г. в Монтекассино. Согласно «Правилам» Бенедикта, в монастырях устанавливалась жесткая субординация и дисциплина. Монахи строго подчинялись аббату. Существование обители должно было обеспечиваться трудом ее членов, однако вскоре бенедиктинские монастыри превратились в феодальные владения с зависимыми крестьянами, которые обрабатывали их земли. В обязанности монахов входили также занятия интеллектуальным трудом — чтением, перепиской книг, обучением детей, что сыграло положительную роль в сохранении остатков образованности, древних рукописей в период культурного упадка Европы в раннее средневековье.
В последующие столетия бенедиктинские монастыри распространились по всей Европе. Вместе с церковью в IX—X вв. они пришли в упадок. Клюнийцы предложили создать объединения монастырей, подчиненные единому центру, — монашеские ордена. В XI—XII вв. возникли ордена цистерцианцев, картезианцев и др. Во время крестовых походов получили распространение полувоенные-полумонашеские организации — духовно-рыцарские ордена.
Новый тип монашеской организации, ориентированный на жизнь в миру, представляли так называемые братья, объединившиеся затем в нищенствующие ордена — франкцисканцев, доминиканцев, кармелитов и августинцев. Их возникновение прежде всего явилось ответом церкви на изменение социальных условий: подъем городов, рост населения, оживление торговли. Прежние ордена были приспособлены к старой, преимущественно сельской структуре феодального общества. Нищенствующие монахи, не имевшие постоянных обителей, ибо отказ от собственности и «святая бедность» были их первыми заповедями, проповедовали в многолюдных кварталах, переходили из города в город, находились в гуще населения. Их молитвы и проповеди сопровождались выразительной жестикуляцией и напоминали песни странствующих жонглеров. Не случайно «братья» называли себя «забавниками божьими». Но была еще одна, важнейшая, причина, по которой церковь поддержала нищенствующих монахов, на первый взгляд так напоминавших еретиков, число которых росло с каждым годом. «Братья» выступали против богатства и роскоши церкви, ее гордыни, требовали, подобно еретикам, возвращение к евангельским заветам, воздержания и смирения. Церковь предприняла хитроумный маневр. Вместо того, чтобы преследовать «братьев», она решила включить их в свою структуру и использовать в борьбе с еретиками.
Первым нищенствующим «братом» стал Франциск Ассизский (1182—1226), сын богатого купца, отказавшийся от богатства, чтобы во всем следовать Христу. Во всяком нищем он видел, «как в зеркале, господа и божью матерь его». Франциск и его последователи не ушли от мира, но, напротив, искали «подвига» среди людей. Проповедь Франциска была далека от ортодоксальных образцов. Он призывал всех к братской любви, не только людей друг к другу, но и ко всем живым существам, деревьям и цветам, солнечному свету и огню, учил обретать в этом радость. Неудивительно, что в тот суровый и безжалостный век число приверженцев Франциска стремительно росло за счет горожан, ремесленников, бедноты. Образовался и женский монашеский орден кларисс, которые исповедовали те же идеалы, что и Франциск. Появились терциарии — люди, давшие обет чистой жизни, но оставшиеся в миру.
Соперниками францисканцев стали доминиканцы. Их нищенствующий орден был основан испанским монахом Домиником де Гусманом (1170—1224), который отличился в борьбе против еретиков-альбигойцев. Целью ордена было провозглашено искоренение ереси. Братство доминиканцев первоначально также основывалось на отказе от собственности и соблюдении «святой бедности». Основными формами их деятельности была проповедь и полемика с еретиками, борьба за чистоту христианского учения. Это обусловило внимание доминиканцев к интеллектуальным занятиям. Из среды доминиканцев вышли крупнейшие богословы Альберт Великий и Фома Аквинский.
Последователей св. Доминика, выбравших своей эмблемой собаку с горящим факелом в пасти, не зря называли «псами господними». Они превратились в главную опору пап в борьбе со светской властью, городами, университетами, строптивыми иерархами церкви.
До XII в. преследования еретиков, хотя и приобретали подчас жестокие формы, не носили столь планомерного и истребительного характера, как после учреждения в конце XII столетия папой Григорием IX инквизиционных судов — священных трибуналов, непосредственно подчиненных папе, а на местах отданных в руки нищенствующих монахов, преимущественно доминиканцев. В ряде стран, например, в Испании, Франции, Италии, инквизиторы на время сделались сильнее епископов. В случае неповиновения инквизиции проклятие грозило и светским властям. Как и приказывали папы, в руках инквизиторов «меч не высыхал от крови». Смрадные тюрьмы, чудовищные пытки, изощренные издевательства, костры (ауто да фе, дословно — «дело веры») становились все более привычными в христианском мире, который забыл о евангельской проповеди любви к ближнему. Ненависть инквизиции нередко обрушивалась на ученых, философов, художников, в творчестве которых церковь усматривала опасные для себя ростки свободомыслия. Особый размах инквизиция приобрела в позднее средневековье с его печально знаменитой «охотой на ведьм».