Судебник провозглашал обязанность судить «праведно», не брать «посулов» — взяток, устанавливал нормированные пошлины в пользу судьи — боярина и великокняжеского дьяка. Регламентировалась компетенция разных типов судей — высшей инстанции (великого князя и его детей), бояр и окольничих (которым были «приказаны» — поручены — те или иные дела) и, наконец, наместников и волостелей. Вводился, хотя и непоследовательно, контроль за деятельностью местных органов управления. В компетенции церковного суда остались по-прежнему все дела духовных лиц и тех, «которые питаются от церкви божией».
Судебник защищал жизнь и имущество бояр, помещиков, духовных лиц. Статья 9 предписывала беспощадную расправу с теми, кто осмелится покуситься на жизнь своего господина, на церковное достояние, поджечь чужое имущество вместе с каким-либо «ведомым» (известным по показаниям 5—6 свидетелей) «лихим человеком». Государство, таким образом, взяло твердый курс на решительную борьбу с преступлениями. К этой борьбе должно было привлекаться не только дворянство, но и верхушка крестьянства — «добрые крестьяне целовальники», «лучшие люди». Судебник предусматривал сохранность ограждений пашен и покосов, запрещал уничтожение межевых знаков. Устанавливался единообразный срок подачи жалоб по земельным делам (трехлетний в случае споров между частными лицами и шестилетний — в случае спора с великим князем). Тем самым санкционировался захват крестьянской или «черной» земли феодалами, произошедший за три-пять лет до создания Судебника.
Знаменитая статья 57 вводила единый срок для всего государства, когда крестьянам разрешалось покидать своего господина, — неделя до и после Юрьева дня осеннего (26 ноября), после окончания полевых работ (при этом следовало уплачивать особую пошлину — «пожилое» за пользование двором). Этим был сделан шаг по пути прикрепления всех частновладельческих крестьян к земле.
Судебник подтвердил правило, сложившееся еще в XIII в., что покупка холопов, женитьба на холопке и тиунство остаются главными внутренними источниками холопства. Напротив, холоп, «выбежавший» из иноземного плена, отпускался на волю. Судебник ограничивал источники полного холопства и в городе: городские «ключники» (приказчики) холопами отныне не становились. Дети холопа, рожденные до порабощения их родителей и живущие независимо от них, также должны были оставаться свободными. Это свидетельствует о невыгодности применения холопского труда в заметно развившихся городах. В целом, однако, судебник не содействовал смягчению холопьего бесправия.
Степень централизации, предусмотренная Судебником 1497 г., показывает, что на конец XV в. приходится один из важнейших этапов, который подготовил завершение централизации государства в середине XVI в. В течение XV в. на Руси, как и в других странах Европы, не были еще ликвидированы остатки феодальной раздробленности. Существовал и удел митрополита. По завещанию Ивана III была воссоздана удельная система. Новгород, сохранивший право чеканки собственной монеты (новгородок), не полностью лишился своей экономической обособленности. Существование там собственной единицы обложения — обжи (составлявшей примерно треть московской сохи), права новгородских наместников заключать договоры с соседними государствами говорят об остатках политической самостоятельности Новгорода.
Успехи централизации позволили молодому Русскому государству уже в первые десятилетия своего существования проводить активную внешнюю политику. Успешно проходила защита целостности Северо-Западной Руси, в том числе и Пскова. Строительство Ивангорода на реке Нарове в 1492 г. создавало стратегическую и экономическую базу на Балтике. Однако главной внешнеполитической задачей в то время было возвращение Смоленска, а также будущих украинских и белорусских земель (Киева, Чернигова, Витебска и др.). В основу этой политики легла идея киевского наследия.
Создание единого Русского государства было враждебно встречено в Великом княжестве Литовском и Короне Польской. Наличие глубоких социальных, религиозных, культурных и этнических противоречий между литовскими магнатами, католиками по вероисповеданию, имевшими право представительства в Раде панов, и белорусско-украинской шляхтой обусловливало непрочность Великого княжества Литовского. Невозможность участвовать в управлении страной толкала православную знать, и прежде всего владетелей пограничных земель, к союзу с единоверческим Русским государством. Первыми «отъехали» к Ивану III князья Воротынские и Белевские, вместе с которыми к Руси отходили верховья Оки. Начиная с 1487 г. переход на сторону Руси верховских князей принял массовый характер. Мценск, Любутск, Серпейск, Мезецк при поддержке русских войск вошли в состав Русского государства. По перемирию 1494 г. к этим территориям присоединилось и Вяземское княжество. Отсюда открывался и прямой путь на Смоленск.
Соглашение 1494 г. не урегулировало всех спорных вопросов. В 1498 г. Великое княжество Литовское прервало сношения с Русью. Был наложен запрет на вывоз на Русь соли, благородных и цветных металлов. В условиях экономической блокады война становилась неизбежной. Она разразилась на последнем этапе так называемого «династического кризиса». Сын Ивана Ивановича Молодого (сына Ивана III от первой жены Марии Борисовны Тверской), скончавшегося в 1490 г., Дмитрий-внук, венчанный на княжение в 1498 г., попал в опалу. На следующий год Василий Иванович, первенец второй жены Ивана III — Софьи Палеолог, поручил Новгород и Псков. А еще через два года — в августе 1501 г. он титулуется «великим князем всея Руси». В апреле 1502 г. Дмитрий-внук с матерью Еленой Волошанкой, дочерью молдавского господаря Стефана Великого, были заточены.