Новый правитель сперва повел весьма осторожную политику. Он сделал Иоанна V своим соправителем и выдал замуж за него свою дочь Елену. Видимость примирения была достигнута. К власти пришла высшая феодальная аристократия империи. В течение всего царствования Иоанн VI Кантакузин (1347—1354) вел войны со Стефаном Душаном, который захватил ряд византийских территорий, с генуэзцами и, наконец, с турками. Страна была разорена, а императорская казна пуста. Турки укрепились в европейской части империи, захватив город Галлиполи, который стал их опорным пунктом для дальнейшего продвижения в Европе. Малая Азия была потеряна Византией еще раньше; в 1331 г. турками были захвачены город и крепость Никея. Военные неудачи, уступки туркам, покровительство феодальной знати и исихастам ослабили позиции Кантакузина, обеспечили победу законному императору Иоанну V Палеологу. В 1354 г. Иоанн V при поддержке горожан и населения Константинополя сверг Кантакузина, который отрекся от престола и стал монахом. Итоги гражданских войн и усобиц для Византии были плачевными: в западных областях империи господствовали сербы, на островах — генуэзцы и венецианцы, восточные провинции были завоеваны турками.
При Палеологах Византийская империя вступила в последний период своего существования, который характеризуется господством феодального строя и началом его разложения. В сфере аграрных отношений окончательно складывается феодальная вотчина, огражденная от притязаний государства рядом привилегий. Бывшие пронии, пожалованные на условиях несения службы государю, теперь в широких масштабах превращаются в наследственные вотчины, сходные с западноевропейскими феодами или ленами. Расширяются иммунитетные права феодалов: экскуссия теперь включает не только фискальные привилегии, но и судебные и административные права по отношению к зависимому населению феодальных вотчин. Государственная власть, ослабевшая в поздней Византии, уже не была способна достаточно эффективно контролировать рост земельных владений и число париков в имениях феодалов.
Формирование феодально-зависимого крестьянства как единого класса в Византии, однако, несколько затянулось по сравнению с аналогичным процессом в Западной Европе. И в поздней Византии поражает пестрота упоминаемых в источниках категорий феодально-зависимых крестьян. Наряду с основной категорией зависимых крестьян-париков здесь встречаются так называемые «свободные» (элевтеры), крестьяне-присельники, чужаки, «неизвестные казне лица». Большинство их было беглыми париками, покинувшими свои прежние места жительства и в связи с бесконечными войнами искавшими спасения в имениях крупных феодалов. Как правило, они не были внесены в кадастры — налоговые списки — и не платили подати государству. Постепенно они попадали в феодальную зависимость от феодалов. Во владениях крупных вотчинников было много дворовой челяди, часть домениальных земель сдавалась в аренду крестьянам-испольщикам. В имениях встречались среди челяди даже рабы. Правда, такие категории зависимых, как дулевты и дулопарики, происхождение которых было генетически связано с рабскими формами эксплуатации, в поздней Византии исчезают. Зато сохраняется, хотя и в незначительных масштабах и преимущественно в горных районах Пелопоннеса, Эпира и Малой Азии, свободное крестьянство и сельская община.
В отличие от стран Западной Европы в Византии наряду с частновладельческой феодальной рентой до конца существования империи сохранялись государственные налоги, которые платили и государственные крестьяне, и частновладельческие парики, и крестьяне-общинники. Однако динамика развития шла в сторону увеличения частно-сеньориальной феодальной ренты. Начало кризиса феодализма, хронологически совпавшее с последним периодом исторической жизни Византии, было ознаменовано повышением товарности вотчинного хозяйства феодалов, возрастанием удельного веса денежной ренты и появлением в деревне такой новой фигуры, как арендатор-предприниматель, снимавший в долгосрочную аренду землю феодального собственника и возделывавший ее с помощью субарендаторов. В сфере аграрных отношений Византия была близка к зарождению раннекапиталистических форм хозяйства, однако в отличие от Западной Европы она так и не перешла этот рубеж.
В поздней Византии в экономической жизни городов наблюдались черты как подъема, так и упадка. Некоторые провинциальные города, особенно Фессалоника, Мистра, Патры, Коринф, оставались центрами ремесла и торговли. Богатым городом-эмпорием был Трапезунд. Наступившая децентрализация Византии не была сопряжена с общим упадком хозяйственной жизни провинциальных городов. Они сохраняли значение центров активной торговли местными продуктами и отчасти ремесленными изделиями. Освобождение от стеснительной и мелочной опеки центральной администрации, ее жесткого фискального контроля создавали благоприятные возможности для развития крупных городских центров новых греческих государств и государств Латинской Романии, например Трапезунда, Никеи, Патр и др. Вместе с тем и сам Константинополь со второй половины XIII в. и до 1453 г. оставался важным пунктом международной транзитной торговли, а его значение как торгового центра в масштабах Черного и Эгейского морей даже возрастало. Городское ремесло было ориентировано прежде всего на удовлетворение потребностей местного рынка в товарах широкого спроса, а не на сбыт за рубеж. Но Константинополь, Фессалоника, города Фракии и Македонии, Западного Причерноморья экспортировали на запад зерно и были также рынками для итальянских товаров, в частности шерстяных и полотняных тканей.